研究によると、SARS-CoV-2の起源となった系統は、数十年にわたりコウモリの間で流行してきたことが結論づけられた。
研究者らは、COVID-19を引き起こすウイルスが、約40～70年前に他のコウモリのウイルスから分岐したことを明らかにした。
研究者らは、SARS-CoV-2が人に感染する能力を持つ他のウイルスを含んでいる可能性が高いと警告している。
COVID-19パンデミックの原因となるウイルスであるSARS-CoV-2を生み出した系統は、数十年にわたりコウモリの間で流行してきたと研究者らは報告している。
研究者らはまた、人に感染する能力を持つ他のウイルスも含まれている可能性が高いと警告している。
研究者らがSARS-CoV-2の進化の歴史を再構築することで得られたこの発見は、この系統に由来する将来のパンデミックの予防にとって重要な意味を持つ。
「コロナウイルスは遺伝物質の組換え性が非常に高く、ウイルスのゲノムの異なる領域が複数の起源に由来しうることを意味する」と、ペンシルベニア州立大学の生物学准教授であるマチェイ・ボニ氏は述べている。
「このため、SARS-CoV-2の起源を再構築することが困難になっている。組換えが起きてきた領域をすべて特定し、その履歴をたどる必要がある。」
SARS-CoV-2の「系統樹」
研究チームは、3種類の異なるバイオインフォマティクス手法を用いて、SARS-CoV-2ゲノム内の組換え領域を特定し、除去した。次に、非組換え領域について系統発生の履歴を再構築し、互いに比較することで、過去の組換え事象にどの特定のウイルスが関与していたかを調べた。
研究チームは、SARS-CoV-2と、その最も近い既知のコウモリおよびセンザンコウのウイルスとの進化的関係を再構築することができた。
研究者らは、SARS-CoV-2が属するウイルス系統が、約40～70年前に他のコウモリのウイルスから分岐したことを明らかにした。重要な点として、SARS-CoV-2は、2013年に中国雲南省で採取された Rhinolophus affinis（キクガシラコウモリ属の一種）から採取されたRaTG13コロナウイルスと遺伝的に（約96%）類似しているものの、研究チームは、RaTG13とは1969年という比較的早い時期に分岐したことを明らかにした。Rhinolophus affinis 馬蹄コウモリ
「組換えの履歴を解きほぐした後に分岐時期を推定できるようになったことは、本共同研究で私たちが開発したものであり、多くの異なるウイルス病原体の起源に関する知見につながる可能性がある」と、KUルーヴェン大学の進化・計算ウイルス学部門の主任研究者であるフィリップ・レメイ氏は述べている。
研究チームは、SARS-CoV-2が近縁種と共有する古くからの特徴の一つとして、スパイクタンパク質上に存在する受容体結合ドメイン（RBD）を発見した。RBDにより、ウイルスは人の細胞表面の受容体を認識し、結合することが可能になる。
「これは、人に感染する能力を持つ他のウイルスが、中国のキクガシラコウモリ属のコウモリの間で流行していることを意味する」と、グラスゴー大学MRCウイルス研究センターの計算ウイルス学教授であるデイビッド・L・ロバートソン氏は述べている。
コウモリから人への飛躍
これらのウイルスは、コウモリから直接人に飛び移ることができるのか、それとも飛躍のために中間種が必要となるのか。ロバートソン氏によると、SARS-CoV-2については、他の研究グループが、重要な進化的変化がセンザンコウで起きたと誤って主張していた。
「SARS-CoV-2のRBD配列は、これまでのところ、ごく一部のセンザンコウのウイルスでしか発見されていない」と、ロバートソン氏は述べている。「さらに、SARS-CoV-2が人に感染する能力において重要な役割を果たしたと考えられているもう一つの主要な特徴である、スパイクタンパク質へのポリベーシック切断部位の挿入は、SARS-CoV-2ウイルスの別の近縁のコウモリ種ではまだ確認されていない。
「しかし、センザンコウが中間宿主として機能し、SARS-CoV-2の人への伝播を促進した可能性はあるものの、コウモリのウイルスが人に感染するにはセンザンコウへの感染が必要であることを示す証拠は存在しない。むしろ、私たちの研究は、SARS-CoV-2が人とセンザンコウの両方の上気道で複製する能力を獲得した可能性が高いことを示唆している。」
次回に向けた監視体制の強化は？
研究チームは、将来のパンデミックを防ぐには、野生のコウモリ野生のコウモリにおける、より適切なサンプリングと、人において新たな病原体を特定し、リアルタイムで対応できる人の疾病監視システムの導入が必要だと結論づけている。
ロバートソン氏は、「効果的な監視の鍵は、どのウイルスを探すべきかを知り、人に容易に感染しうるウイルスを優先することだ。私たちは、2つ目のSARSウイルスに対して、より十分な備えをしておくべきだった」と述べている。
ボニ氏はさらに、「私たちは、SARS-CoV-2の最初の流行への対応が遅すぎたが、これが最後のコロナウイルスパンデミックにはならないだろう。コロナウイルスパンデミック。感染者数がまだ一桁台にあるうちに、このようなウイルスを捕捉するため、はるかに包括的でリアルタイムな監視システムを構築する必要がある」と付け加えている。
その他の共著者は、西交利物浦大学、香港大学、テキサス大学アーリントン校、エディンバラ大学の所属である。
本研究は、欧州研究会議、医学研究会議、フランドル研究基金、中国国家自然科学基金の支援を受けた。
出典：ペンシルベニア州立大学
